Na Filozofskom fakultetu u Osijeku provode se sljedeći znanstveni projekti:

Kognitivno lingvistički pristup polisemiji u hrvatskome i drugim jezicima
voditelj projekta: Mario Brdar

Bioetika i filozofija povijesti
voditelj projekta: Vladimir Jelkić

Jezik hrvatskoglagoljskih tiskanih brevijara
voditelj projekta: Loretana Farkaš Brekalo

Slavonski dijalekt
voditelj projekta: Ljiljana Kolenić

Knjižna baština u fondovima hrvatskih knjižnica: izazovi otkrivanja i interpretacije
voditelj projekta: Jelena Lakuš

Kulture u doticaju: stoljetni hrvatski i crnogorski književni identiteti
voditelj projekta: Jakov Sabljić

Vrednovanje knjižničnih službi i usluga: akademske i narodne knjižnice
voditelj projekta: Kornelija Petr Balog

Jezik i stil zavičajne periodike
voditelj projekta: Vlasta Rišner

Kultura i identitet u slavonskom književnom dokumentarizmu
voditelj projekta: Helena Sablić Tomić

Rubni žanrovi u hrvatskoj književnosti 18. stoljeća
voditelj projekta: Zlata Šundalić

Digitalna knjižnica hrvatske baštine tiskane do 1800.: izvedbene pretpostavke
voditelj projekta: Zoran Velagić

Veze Dubrovčana i JI Europe u srednjem vijeku
voditelj projekta: Pavo Živković

Projekt uspostavljanja međunarodne suradnje: "Međunarodni suradni skup u cilju jačanja istraživačkog potencijala u Hrvatskoj u području istraživanja kvalitete života i zdravlja"
voditelj projekta: Gorka Vuletić Mavrinac

Fakultet sudjeluje i u radu sljedećih međunarodnih znanstveno-istraživačkih projekata:

1) IPA (HUHR/0901/2.2.3/003) 2009-2013 Hrvatsko-mađarske kulturno-povijesne i jezične interakcije. Zajednički projekt nastavnika studija, odnosno Znanstveno-umjetničkoga kruga Mađara u Republici Hrvatskoj (P•R•A•G•M•A) s Katedrom za hrvatski jezik i književnost u Pečuhu, pomoću čega je ostvarena materijalna potpora za rad iz IPA-fonda za pokretanje tečaja mađarskoga i hrvatskoga jezika i kulture na Filozofskim fakultetima u Pečuhu i u Osijeku. Naziv projekta je Teaching Hungarian in Croatia and Croatian in Hungary.
Koordinator: Karoly Labadi

2) Mađarski Arhiv u Hrvatskoj. Mađarski arhiv u Hrvatskoj osnovan je 2008. godine u skladu s koncepcijom Katedre za mađarski jezik i književnost kao znanstvena radionica. Znanstvena djelatnost organizirana je u tri korpusa: korpus za kulturnu povijest, korpus za regionalnu književnost, korpus za narodni jezik i jezik svakodnevice. Katedra već drugu godinu zaredom izdaje svoj godišnjak pod nazivom Acta Hungarica Universitatis Essekiensis u kojem su objavljeni prvi znanstveni rezultati arhiva.
Koordinator: Zsombor Labadi