Sustavom osiguravanja kvalitete obrazovanja prati se i poboljšava proces obrazovanja na Fakultetu. Pravilnikom o ustroju i djelovanju sustava za osiguranje kvalitete na Sveučilištu Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku (Odluka Senata 29. rujna 2006.) utvrđena je organizacijska struktura sustava osiguravanja kvalitete Sveučilišta. Organizacijsku strukturu čine Odbor za unapređivanje i osiguranje kvalitete visokog obrazovanja na Sveučilištu, Sveučilišni centar za unaprjeđenje i osiguranje kvalitete visokog obrazovanja, uredi za osiguranje kvalitete na znanstveno-nastavnim sastavnicama i povjerenstva za unapređivanje i osiguranje kvalitete visokog obrazovanja na znanstveno-nastavnim sastavnicama Sveučilišta.